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人类进化论
1858年达尔文提出的学说
人类进化论（evolution）在19世纪后用于生物学，专指生物由简单到复杂、由低级到高级的变化和发展。又称演化论。evolution一词来自拉丁文evolutio，表示展开或把一个卷紧的卷松开的意思。
简介
“物竞天择，适者生存。”
这是进化论最为核心的一句话。
历史
达尔文把以前生物变化思想的发展和关于万物互相转化和演变的自然观可以追溯到人类文明的早期。例如，中国《易经》中的阴阳、八卦说，把自然界还原为天、地、雷、风、水、火、山、泽八种基本现象，并试图用“阴阳”、“八卦”来解释物质世界复杂变化的规律。古希腊阿那克西曼德（约公元前6世纪）认为生命最初由海中软泥产生，原始的水生生物经过蜕变（类似昆虫幼虫的蜕皮）而变为陆地生物。中世纪的西方，基督教圣经把世界万物描写成上帝的特殊创造物。这就是所谓特创论。与特创论相伴随的目的论则认为自然界的安排是有目的性的，“猫被创造出来是为了吃老鼠，老鼠被创造出来是为了给猫吃，而整个自然界创造出来是为了证明造物主的智慧”。
从15世纪后半叶的文艺复兴到18世纪，是近代自然科学形成和发展的时期。这个时期在科学界占统治地位的观点是不变论。当时这种观点被I.牛顿和C.v林奈表达为科学的规律：地球由于所谓第一推动力而运转起来，以后就永远不变地运动下去，生物种原来是这样，现在和将来也是这样。到了18世纪下半叶，I.康德的天体论首先在不变论自然观上打开了第一个缺口；随后，转变论的自然观就在自然科学各领域中逐渐形成。这个时期的一些生物学家，往往在两种思想观点中入门徬徨。例如林奈晚年在其《自然系统》一书中删去了物种不变的词句；法国生物学家G.-L·de布丰虽然把转变论带进了生物学，但他一生都在转变论和不变论之间徘徊。J.-B·de拉马克在1809年出版的《动物哲学》一书中详细阐述了他的生物转变论观点，并且始终没有动摇。
18世纪末～19世纪后期，大多数动植物学家都没有认真地研究生物进化，而且偏离了古希腊唯物主义传统，坠入唯心主义。“活力论”虽然承认生物种可以转变，但把进化原因归于非物质的内在力量，认为是生物的“内部的力量”即活力驱动着生物的进化，使之越来越复杂完善。但活力论缺乏实际的证据，是一种唯心的臆测。最有名的活力论者就是法国生物学家拉马克。19世纪后期出现的终极目的论或直生论，认为生物进化有一个既定的路线和方向而不论外界环境如何变化。
①物种是可变的，物种是由变异的个体组成的群体。
②在自然界的生物中存在着由简单到复杂的一系列等级（阶梯），生物本身存在着一种内在的“意志力量”驱动着生物由低的等级向较高的等级发展变化。
③生物对环境有巨大的适应能力；环境的变化会引起生物的变化，生物会由此改进其适应；环境的多样化是生物多样化的根本原因。
学说
1858年7月1日C.R.达尔文与A.R.华莱士在伦敦林奈学会上宣读了关于物种起源的论文。后人称他们的自然选择学说为达尔文-华莱士学说。达尔文在1859年出版的《物种起源》一书中系统地阐述了他的进化学说。其核心自然选择原理的大意如下：生物都有繁殖过剩的倾向，而生存空间和食物是有限的，所以生物必须“为生存而斗争”。在同一种群中的个体存在着变异，那些具有能适应环境的有利变异的个体将存活下来，并繁殖后代，不具有有利变异的个体就被淘汰。如果自然条件的变化是有方向的，则在历史过程中，经过长期的自然选择，微小的变异就得到积累而成为显著的变异。由此可能导致亚种和新种的形成。
以后发展
1865年奥地利植物学家G.J.孟德尔从豌豆的杂交实验中得出了颗粒遗传的正确结论。他证明遗传物质不融合，在繁殖传代的过程中，可以发生分离和重新组合。20世纪初遗传学建立，T.H.摩尔根等人进而建立了染色体遗传学说，全面揭示了遗传的基本规律。这本应弥补达尔文学说的缺陷，有助于进化论的发展；但当时大多数遗传学家（包括摩尔根在内），都反对达尔文的自然选择学说。人们对达尔文进化论的信仰，发生了严重的危机。
在19世纪末到20世纪初这个时期出现过一些新的进化学说。荷兰植物学家H.德·弗里斯在20世纪初根据月见草属的变异情况提出“物种通过突变而产生”的突变论，而反对渐变论。这个理论得到当时许多遗传学家的支持。某些拉马克学说的追随者们虽然抛弃了拉马克的内在意志概念，但仍强调后天获得性遗传，并认为这是进化的主要因素。50年代在苏联由T.D.李森科所标榜的米丘林学说，强调生物在环境的直接影响下能够定向变异、获得性能够遗传。所有这些观点被称为新拉马克主义。A.F.L.魏斯曼在1883年用实验来证明获得性遗传的错误，强调自然选择是推动生物进化的动力，他的看法被后人称为新达尔文主义。
②现代综合进化学说。
20世纪20～30年代首先由R.A.费希尔、S.赖特和J.B.S.霍尔丹等人将生物统计学与孟德尔的颗粒遗传理论相结合，重新解释了达尔文的自然选择学说，形成了群体遗传学。以后C.C.切特韦里科夫、T.多布然斯基、J.赫胥黎、E.迈尔、F.J.阿亚拉、G.L.斯特宾斯、G.G.辛普森和J.W.瓦伦丁等人又根据染色体遗传学说、群体遗传学、物种的概念以及古生物学和分子生物学的许多学科知识，发展了达尔文学说，建立了现代综合进化论。现代综合进化论彻底否定获得性状的遗传，强调进化的渐进性，认为进化是群体而不是个体的现象，并重新肯定了自然选择的压倒一切的重要性，继承和发展了达尔文进化学说。
小大进化
美国遗传学家R.B.戈德施米特认为，通常的自然选择，只能在物种的范围内，作用于基因而产生小的进化改变，即小进化；而由一个种变为另一个种的进化步骤则需要另一种进化方式，即大进化。他认为大进化就是通过他所假设的系统突变（涉及整个染色体组的遗传突变）而实现的。这样就可以一下子产生出一个新种甚至一个新属或新科。美国古生物学家辛普森同意把进化的研究分成两大领域：研究种以下的进化改变的小进化和研究种以上层次的进化的大进化，但并不同意戈氏的观点，他并不认为小进化与大进化是各自不同的或彼此无关的进化方式。
小进化研究种以下的进化改变，包括：①小进化的因素和机制，研究遗传突变、自然选择、随机现象（如遗传漂变）等因素如何引起群体的遗传组成的改变等。②种形成，研究新种的形成方式和过程，研究小进化因素如何导致同种的群体之间的隔离的形成和发展，研究种内分化和由亚种、半种到完全的种的发展过程等。
大进化研究种以上的分类单元在地质时间尺度上的进化改变，其对象主要是化石，最小研究单位是种。主要研究内容包括：①种及种以上分类单元的起源和大进化的因素。②进化型式，在时间向度上进化的线系的变化和形态。③进化速度，形态改变的速度和分类单元的产生或绝灭速度，种的寿命等。④进化的方向和趋势。⑤绝灭的规律、原因及其与进化趋势、速度的关系等。小进化与大进化在物种这一层次上相互衔接，事实上小进化与大进化都研究物种形成。关于小进化与大进化的关系问题，近年学术界展开了激烈的争论。间断平衡学派认为不能以小进化的机制来解释大进化的事实；而现代综合进化论则认为小进化是大进化的基础，小进化的机制在一定程度上是可以说明大进化的现象的。
进化型式
从进化的观点看，同时生存的不同生物种在时间的向度上可以回溯到一个共同祖先。因此，按照祖裔关系可以将现时生存的和曾经生存过的生物相互联结起来，这种表示祖裔关系的生物进化系统称为种系发生。生物的种系发生可以形象地表示为一棵树：如果从树根到树顶代表时间向度，主干代表共同祖先，大小分枝代表相互关联的进化线系，这就构成所谓种系发生树或进化树。所谓进化型式就是进化在时间与空间上的特征，也就是种系发生的特征，具体表现在进化树的形态上：枝干的延续和分枝方式、树干的倾斜方向和在空间上的配置、树干的中断等等，它代表着种系发生中线系进化、种形成、绝灭等方面的特征。
在谱系进化中有两种性质不同的进化改变。一是形态结构及其功能由简单、相对不完善到复杂和相对完善的前进性（进步的）改变，称之为前进进化；前进进化的结果是造成生物的等级从低级到高级。另一种进化改变是线系分枝，叫做分枝进化；分枝进化的结果是产生新的分类单元和生物歧异度的增长。广义的前进进化包括除分枝进化以外的各种进化改变，既包括前进的（进步的）进化改变，也包括非前进的甚至退化的改变。既无前进进化，又无分枝进化的情况称为停滞进化，如活化石之类的情况。
平行进化
（简称平行）是指两个或多个有共同祖先的线系，在其祖先遗传的基础上分别独立进化出相似的特征。通常平行与趋同不易区分，一般说来平行进化既涉及同功又涉及同源；假若后裔间的相似程度大于各自的祖先之间的相似程度则可称为趋同，若后裔之间的相似程度与其祖先之间的相似程度差不多则可称为平行。大进化的模式 ①渐变模式。认为形态进化速度多少是恒定的、匀速的，形态进化是逐渐的；形态改变主要是线系进化造成的，大多发生在种的生存期间，与种形成无关，种形成（线系分枝）本身只是增加新的进化方向。②间断模式。认为形态进化速度是不恒定、非匀速的，快速的“跳跃”与长期的停顿相交替，即在种形成期间进化加速，种形成后保持相对的稳定。进化的形态改变与种形成相关联，即大部分形态改变是发生在相对较短的种形成时期，在可能长达数百万年的种生存期内不会发生显著的形态改变。两种模式各有一些有利于自己的证据，但这些证据本身还需进一步研究才能证实。
进化速率
单位时间内生物进化改变量。衡量进化速率必须确定两个尺度：时间尺度和进化改变量的尺度。时间尺度有两种，即绝对地质时间和相对地质时间，一般应使用绝对时间尺度；只在不得已时，才使用相对时间尺度。
进化趋势
从长的时间尺度来看生物进化呈某种方向性，但这并非说自然界存在着既定的进化轨道，这里说的方向性是统计学的趋向。因此，进化趋势是任何因素（包括随机的非随机的因素）所造成的进化的统计学趋势。
小进化
小进化趋势是指在生物种的自然群体之内，自然选择作用所造成的表型进化改变的趋向性。这种进化趋势通常是适应局部环境的结果，进化改变发生在线系之内，所以也可称之为线系进化趋势，表现为线系在时间-进化改变坐标系内的倾斜。
大进化
大进化趋势是指在种系发生中线系分枝的主体的趋向性。大进化趋势发生在种以上的分类单元的谱系进化中，所以又可以称为谱系进化趋势，表现为谱系中的偏斜。为解释大进化趋势发生的原因，不少学者提出过种种假说，但由于缺乏证据，能够成立或有说服力的还很少见。进化是生物逐渐演变向前发展的过程。在这个过程中，生物由低级发展到高级，由简单发展到复杂。今天地球上的各种生物，极少是和远古时代的祖先一模一样的。同样，在未来，各种生物又会和今天不同，这就是进化的结果。进化的过程是极其缓慢的，要经过长期的自然选择逐渐地演化。除了由低等进化到高等外，生物的种类也不断地增多。今天的物种远比5亿年前的物种多得多，今后还会不断地增加。
质疑
进化论仅仅是一种理论。它既非事实，也不是科学定律。许多人在小学时就学过，按等级划分的话，理论处于中等——它比纯粹的假说有把握，但与定律相比又略逊一筹。然而，科学家并不是以此划分这些术语的。按照美国国家科学院(NAS)的解释，科学理论是「对自然界的某一方面所作的有充分依据的阐释，它可以包括事实、定律、推论以及经过检验的假说等。」定律是有关自然界的概括性描述，而一种理论无论得到多少证实，都不会使它变成定律。因此当科学家们谈到进化论时(或者就这个问题而言，谈到原子理论或相对论时)，他们并没有表示对这一理论的真实性有任何异议。
除了进化的理论之外(所谓进化指的是遗传上的一代胜过一代的概念)，人们也可能举出进化的实例来。美国科学院把「事实」定义为「已经获得反覆证明的、实际上已被大家公认为『真实』的观测结果」。化石记录和不计其数的其他证据证明了有机物是随着时间的推移而逐步进化的。虽然没有人直接看到这些变化，但间接的证据既清楚又明确，足以令人信服。无论哪一门科学，依靠间接证据来说明问题都是司空见惯的事情。例如，物理学家不可能直接看到亚原子粒子，因此他们通过观测粒子在云室中留下的特有轨迹来证明粒子的存在。但物理学家并没有因为无法直接观测而使所得的结论欠缺说服力。自然选择陷入了循环论证的怪圈：适者生存，存者即为适者。
「适者生存」是一种有争论的自然选择表述方式，实际上更专业的表述方式应采用「生存和繁殖分异率」(differential rate of survival and reproduction)这一术语。这种描述法不是给各个物种贴上适应或不适应的标签，而是描述各物种在既定条件下可能留下多少后代。将一对繁殖迅速的小嘴雀科鸣鸟和一对繁殖较慢的大嘴雀科鸣鸟放到一个食物丰富的岛上。在几代之内，繁殖迅速的鸣鸟就可能把持了大部分食物源。但如果大嘴鸣鸟更容易嗑开种子，那么优势就可能转向这些繁殖较慢的鸣鸟一边。美国普林斯顿大学的 Peter R. Grant 在对加拉帕戈斯群岛上的雀科鸣鸟所做的一项开创性研究中，观察到了野生条件下种群此消彼长的变化情况。[参看本刊 1992年 2月号上 Grant所撰的「自然选择与达尔文的鸣鸟」一文。] 关键在于，给物种的适应性下定义可以不参照其生存能力的强弱：鸟的大嘴更适合嗑开种子，不论这一特性是否在给定条件下具有增强生存能力的价值。
进化是不科学的，因为它既不能验证，也无法推翻。它的种种论断所涉及的物种变化都无法观察到，也永远不可能重现。这种全盘否定进化论的说法忽视了把进化划分为至少两大类—微观进化与宏观进化—的若干重要特点。微观进化考察的是物种内随时间的推移而发生的变化，这类变化可能是新物种形成的前兆。宏观进化则研究物种这一层次以上的分类学族群是如何演变的。它的证据通常来自化石资料以及重构各种有机物之间的关系而进行的 DNA比较。如今连大多数创世说者都承认，实验室中的试验(如对细胞、植物和果蝇所作的研究)以及实地进行的考察(如 Grant对加拉帕戈斯鸣鸟嘴部形状演变所进行的考察)都证实了微观进化的存在。自然选择及其它机制(包括染色体改变、共生和杂交等)都可以促使生物群体发生深刻的变化。宏观进化的历史性研究所涉及的是根据化石和 DNA而不是直接观测作出的推论。但是，对于历史科学(包括天文学、地质学和考古学和进化生物学)，科学家仍然可以对假说进行检验，看这些假说是否与物理证据相符，是否能对未来的科学发现作出具有检验性的预测。例如，进化意味着在人类最早的祖先(距今大约 500万年)以及解剖结构上最早的现代人类(距今约 10万年)之间，应该存在一系列其他原始人，它们身上猿的特点越来越少，而人的特点越来越多，这恰好与化石资料完全吻合。但是我们不会(也的确没有)在侏罗纪(距今约 6500万年)的地层中找到现代人类的化石。进化生物学的常规研究作出的预测比这精细得多、准确得多，而且研究人员也不断对这些预测进行检验。创世说者也可能通过其他方式来反驳进化论。如果能够找到资料证明哪怕仅仅一种复杂的生命形式是从无生命物质中自发产生的，那么我们至少在化石中看到的几种生物可能是通过这种方式进化而来的。如果曾有超级智能外星人出现并创造了地球上的生命(甚至创造了特定的物种)，那么纯粹进化论的解释将遭受怀疑。但是迄今没人提出这类证据。应该指出，把可伪证性当作界定科学的特性这一观点是哲学家Karl Popper在 20世纪 30年代提出来的。因为他的思想准则中狭隘的解释将很多货真价实的科学研究分支排除在外，直到最近一些年来，他的思想观点才逐渐被广义化了。
科学家越来越怀疑进化的真实性。但没有证据表明进化论的支持者在逐渐减少。随便翻开任何一期生物学的专业杂志，你都会找到支持并发展进化论研究或者赞同进化是一种根本的科学概念的文章。与创世说的观点相反，严肃的科学杂志更没有否定进化的报导。上世纪 90年代中期，美国华盛顿大学的 George W. Gilchrist 调查了列入原始文献的数千种期刊，想要找到关于「神力设计」或创世说的文章。他查遍了数十万个的科学报告，也没有发现一篇关于创世说的报告。过去两年中，由东南路易斯大学的 Barbara Forrest和凯斯西部保留地大学的 Lawrence M. Krauss分别独立进行了同样的调查，结果也是无功而返。创世说者则反唇相讥，声称思想封闭、顽固排外的科学界拒不接受他们的证据。然而，据《Nature》、《Science》及其他重要杂志的编辑们讲，他们几乎没有见过有关反对进化论的投稿。有些反对进化论的作者曾在严肃的科学杂志上发表过论文。但这些论文极少直接攻击进化论，也从不旗帜鲜明地举出创世说的论点。它们最多不过是指出进化论存在某些未解决的问题(这一点并没有人反对)。简而言之，创世说者拿不出充足的理由使科学界能够认真地对待他们的说法。
连进化生物学家彼此间都存在各种分歧，这说明进化论所依据的科学基础根本不牢靠。进化生物学家激烈争论的焦点是各种各样的。例如，物种是如何形成的、进化的快慢、鸟类和恐龙的祖先是否有血缘关系，尼安德特人是否是不同于现代人的独立物种等各种问题。任何一门学科都难免会存在这样那样的争论，进化论自然也不例外。但是，生物学界仍然一致接受进化论，把进化作为生物界中存在的真实事情和一项指导原则。遗憾的是，虚伪的创世说者总是断章取义地引用科学家的话以夸大并曲解他们之间的分歧。
任何一位熟悉哈佛大学古生物学家 Stephen Jay Gould著作的人都知道，Gould除了是「间断平衡模型」(punctuated equilibrium model)的创立人之一外，还是进化论最积极的捍卫者和宣传者。(间断平衡模型认为，大多数进化都是在地质史上相对短暂的时期内发生的，这样就可以解释我们在化石记录中所观察到的现象。不过，地质史上的短暂时期可能也有数百代之久。)然而，创世说者却总是不遗余力地从 Gould丰富的著作中断章取义，使人们以为 Gould曾对进化论表示过怀疑。更有甚者将间断平衡的理论歪曲理解，仿佛间断平衡会使新物种在一夜之间就脱颖而出，或者使鸟类从爬行动物的卵中产生出来。如果读者碰到引用科学权威人士的话语对进化论提出质疑时，一定要结合上下文来看看这段话究竟是甚么意思。可以肯定，所谓科学家对进化论的攻击最终被证明是凭空捏造的。
如果人类从猴子演变而来的，那么为何现在还有猴子？这种论据司空见惯，反映出提问者对进化论不同程度的无知。第一个错误是进化论并没有告诉我们人是猴子变来的；它只是说人和猴子的祖先相同。此论据所犯的更深层次错误与下面这种问法如出一辙：「如果小孩是成年人生的，那为什么还有成年人？」新物种是通过从现有物种中分化出来而实现进化的；当某些生物种群与其家族的主要分支隔离开来，并得到充分的变异而使其永远成为一个与原来物种明显不同的新物种时，这种分化就产生了。作为母体的物种此后可能无限期地生存下去，当然也可能走向灭绝。
进化论无法解释生命最初是如何在地球上出现的。生命的起源在很大程度上仍是一个不解之谜，但是生物化学家已经弄清楚原始核酸、氨基酸及构成生命的其他各种基本元素是如何形成并实现自我复制的，从而奠定了细胞生化过程的基础。天体化学分析表明，这类化合物最初可能大量地在太空中形成，然后随彗星来到地球上。这一理论或许可以解释，在地球年轻时的各种条件下，这些生命组成要素是如何出现的。创世说者有时抓住科学家当前暂时无法解释生命的起源这一点大作文章，试图以此全盘否定进化。其实，即使地球上的生命真的通过进化以外的途径诞生的(如外星人在数十亿年前将首批细胞带到了地球上)，不计其数的微观进化与宏观进化研究有力地证明了生命的进化是一个确凿的事实。
数学的分析表明，像蛋白质这样复杂的东西随机产生是不可思议的，更不用说活细胞乃至人类。机遇在进化中起着一定的作用(例如通过随机突变而使物种获得新的特性)，但进化过程并不是靠运气来产生有机物、蛋白质或其他生命实体的。恰恰相反，自由选择(应为人知的主要进化机制)通过保留「有益的」(适应性)特征并淘汰「无益的」(非适应性)特征而实现非随机的变化。只要选择的力度保持稳定，自然选择就可以推动进化朝着一个方向前进，在出人意料的短期内产生出复杂的结构。我们用这样的类比打个比方，将「TOBEORNOTTOBE」这13个字母组成的序列拿来考虑。假定有100万只猴子在键盘上胡敲乱按，每只猴子每秒钟打出一个像上述序列那样长的字母序，那么它们需要敲击7.88万年才可能从 2613 种长度一样的序列中敲出上面那个字母序列。然而，到了80年代，美国格伦代尔学院的Richard Hardison编写了一个能随机生成短语的计算机程序，此程序的特点是，如果单个字母恰好位于在短语的既定位置上，那么该字母就在这一位置上保持下去(实际上也就是选择更接近于哈姆雷特所说的那句话的短语)。该程序平均只需重复336次，就能再次产生那句短语，所花时间不到90秒。更令人称奇的是，该程序甚至可在4天半的时间里就将莎士比亚的整部剧作重组一遍。
热力学第二定律认为，随着时间的推移，系统必定朝着越来越无序的方向发展。因此，活细胞不可能从无生命的化学物质中进化出来，而多细胞生物也不可能从原生动物进化而来。这种说法错在误解了热力学的第二定律。如果这种说法站得住脚的话，那么矿物晶体和雪花应该也属于不可能成形的物质，因为它们同样是从无序的组分中形成的复杂结构。热力学第二定律实际上是说，一个封闭系统(即不与外界发生能量和物质交换的系统)的总熵不会随着时间的推移递减。熵是一个物理学概念，常常被说成是「无序」。然而这个术语与惯用的词还是有很大的差别。更重要的是，热力学第二定律允许一个系统的某部分的熵减少，只要该系统其他部分的熵有相应的增加。因此，我们的地球作为一个整体可能会变得愈加复杂，因为太阳不断把热和光散射到地球上，而太阳内部热核反应所导致的熵增大足以抵消散射到地球的熵。简单的有机体可以通过耗用其他的生命形式以及非生命物质而朝着越来越复杂的方向发展。
突变对于进化理论来说必不可少。但是突变只能消除特性，而不能产生新的特性。恰恰相反，生物学资料已经证明，许多特性是通过点突变(point mutation)产生的(所谓点突变就是在一种有机体的 DNA中确切的位置上出现的变化)。细菌对抗生素的耐受性便是一个很好的例子。动物体内调节发育的同源盒结构基因(homeobox)的突变也可以产生复杂的效应。Hox基因决定腿、翼、触角以及躯体的各部分应该在何处长出来。例如，果蝇的触角足突变(Antennapedia)使在本该长触角的地方长出了腿。这些异常的肢体不起甚么作用，但是它们的存在证明了遗传基因出现了错误，可以产生复杂的结构，而自然选择可以借此对这些结构进行试验，看其是否有用。此外，分子生物学研究已经发现了一些比点突变更高级的遗传变化机制，这些机制扩大了物种新特性出现的途径。基因内的功能分子可以通过各种新颖的方式拼接在一起。整个的基因也可能意外地在一种有机物的DNA内被复制，而复制的基因则可以突变成新的具有复杂特性的基因。对多种有机物的 DNA所作的比较表明，血液中的珠蛋白就是以这种方式在数百万年中进化的。
自然选择或许能解释微观进化，但它无法解释新物种的起源和生命的高级运转规则。进化生物学家对于自然选择如何产生新物种已经作过广泛的论述。例如，哈佛大学的 Ernst Mayr建立了一个名为「不重叠分布区」(allopatry)的模型。该模型认为，如果通过地理边界把某一群体的有机物同其余群体隔绝开来，那么它就可能面临不同的选择压力。被隔绝的群体内将逐渐积累起变异的因素。等到这些变异因素积累到相当显著的地步，以致这个分化出来的群体不可能(或者通常情况下不会)同原始的种群交配而繁殖后代时，该群体就会独立地进行繁殖，并沿着这条道路发展下去直至最终变成一个新物种。自然选择是研究得最为详尽的一种进化机制，但是生物学家也同时考虑了其他各种可能的进化机制。生物学家一直在评估引起物种形成或产生有机物复杂特性的若干不寻常遗传机制的潜力。美国阿默斯特马萨诸塞大学的 Lynn Margulis及其他研究人员令人信服地证明了某些细胞器(如产生能源的线粒体)是通过古代有机体的共生融合而进化来的。因此，关于进化可能是由自然选择以外的其他力量所引起的研究，科学界表示欢迎。但是这些力量必须源于自然界，而不能归功于神秘莫测的创世天使的神力作用，因为这类作用的存在根据没有得到科学的证明。
没有任何人看到过新物种的进化过程。物种形成可能是相当罕见的，在某些情况下可能要花费若干世纪的时间。此外，识别一个处于形成阶段的新物种可能比较困难，因为生物学家对于如何界定新物种的概念有时持不同看法。目前应用最广泛的定义是 Mayr 提出的「生物物种概念」(Biological Special Concept)。该定律认为，某一物种是由若干独立繁殖的群体构成的一个确定种群，也就是通常不会或不能在其种群以外进行繁殖的若干种有机体。实际上，这一定义可能很难用于因相距遥远或地域不同而彼此隔离的有机体，也很难用于植物(更不用说无法繁殖的化石)。因此生物学家通常将有机物的实体和行为特性作为其物种归属的线索。但是，科学文献中的确存在有关植物、昆虫及蠕虫的物种形成报告。在多数这类试验中，研究人员把有机体置于各种各样的选择条件下(以解剖差异、交配行为、栖居地喜好以及其他物种特性为选择对象)，并发现由此而生成了一些不与外界异族物种进行繁殖的有机体种群。例如，新墨西哥大学的 William R. Rice和加利福尼亚大学戴维斯分校的 George W. Salt证明，如果他们根据果蝇对某种环境的喜好特性来选择一组果蝇，并将其单独隔离开来繁殖 35代以上，最终所得的结果是，被隔离的果蝇将拒绝与来自环境完全不同的果蝇交配。
进化论者拿不出任何化石证据证明有过渡动物(如半是爬虫半是鸟的动物)出现过。其实，古生物学家早就知晓有关中间化石(即外形介于各种不同的分类群体之间物种的化石)的许多详尽实例。最有名的化石之一是始祖鸟化石(Archaeopteryx)，它既具有鸟类特有的羽毛特征，又具有类似恐龙的骨骼结构特征。研究人员还发现了大量其他有羽毛的动物化石，它们与鸟化石相似的程度，参差不齐。一系列届的化石完整地描述了现代马从小型始祖马(Eohippus)开始的进化过程。鲸的祖先是在陆地上爬行的四肢动物，而在它们之间的过渡动物则是名为 Ambulocetus和 Rodhocetus的两种两栖动物[参看本刊 2002年第 8期 Kata Wong所著的「征服海洋的哺乳动物」一文]。海洋贝壳的化石重现了各种软体动物在千百万年间的进化历程。大约二十多种人科动物(它们并非都是人类的祖先)填补了南方古猿露西(Lucy the australopithecine)和现代人之间的空白。但创世说者却对这些化石研究成果视而不见。他们声称，始祖鸟并不是爬行动物和鸟类之间的过渡物种，只不过是一种已经灭绝的鸟类，具有某些爬行动物的特征罢了。创世说者希望进化论者拿出一种匪夷所思、异想天开的怪物，它不能归入到已知的任何一类种群中。即使创世说者承认某一化石是两类物种之间的过渡生物，他们可能还坚持非要看到该化石与后两类物种之间的其他中间化石不可。这类令人恼火的要求可以一个接一个无休止地提出来，而化石记录始终是不完整的，根本不可能满足这样的无理要求。不过，进化说者可以从分子生物学获得进一步的有力证据。所有有机体都拥有绝大部分的相同基因，但进化论者预见，这些基因的结构及其产物将根据各物种之间的进化关系而分异。遗传学家所说的「分子时钟」将记录这一时间进程。这些分子数据也显示了各种不同的有机体在进化过程中的过渡关系。
生物在解剖层次、细胞层次和分子层次上均有令人惊异的复杂结构特征；其复杂性哪怕是只差一点点，它们也将无法正常发挥其功能，对此唯一可能的结论就是，生物是神力设计而非进化的产物。这种所谓的「设计论据」构成了最近抨击进化论的核心说法，而且也是创世说者最早使用的论据之一。1802年，神学家 William Paley撰文说，如果某人在地里捡到一块表，那么最合乎情理的推论应该是这块表是有人掉在地里的，而不是靠自然力量形成的。Paley声称，由此推知，生物的复杂结构必定也是直接的神力所为。达尔文写了《物种起源》一书来反驳 Paley。该书阐述了作用于遗传特征的自然选择力量如何逐步地完善复杂的有机体结构的进化过程。一化又一代的创世说者以眼睛是一种可能靠进化而形成的结构来试图驳倒达尔文的观点。他们认为，眼睛之所以能产生视觉，全凭其各组成部分之间天衣无缝的组合。因此自然选择不可能倾向于眼睛进化过程中所需要的过渡结构(试问半只眼睛有甚么用呢？)。达尔文似乎对创世说者的这种诘难有先见之明，他指出，即使是「不完整」的眼睛也可能有它的好处(如帮助动物转向有光的方向)，因此可以被遗传下来以待进化过程对其作出进一步的改良。生物学证实了达尔文的分析：研究人员在整个动物王国中都可鉴定出原始的眼睛和感光器官，甚至还通过比较遗传学研究勾画出了眼的进化史。(现在看来，在不同的有机体家族中，眼睛是独立进化的。) 如今鼓吹神力设计的人比其老前辈更加老练，但其论据和目标仍是万变不离其宗。为了驳倒进化论，他们企图证明进化论不可能解释我们所知道的生命，进而坚持认为，唯一站得住脚的替代理论就是，生命是靠一种高深莫测的神力创造出来的。
新近的发现证明，即使在微观层次上，生命也具有某种不可能通过进化产生的复杂性。 「不可简化的复杂性」是《达尔文的黑盒子：进化论面临的生化挑战》一书的作者，列哈依大学的 Michael J. Behe提出的口号。Behe以捕鼠夹作为「不可简化的复杂性」的一个通俗例子。捕鼠夹这种器具的特点是，只要有任何零件丢失，它便不起任何作用，而且它的各个零件只有作为一个整体的组成部分才有价值。Behe宣称，如果说捕鼠夹如此，那么细菌的鞭毛就更是如此(鞭毛是一种起推进作用的鞭状细胞器，其功能犹如船舶的舷外发动机)。构成鞭毛的蛋白质如鬼斧神工般巧妙地排列成发动机的部件、方向舵以及工程师可能要求采用的其他种种结构。Behe声称，这样复杂巧妙的布局通过进化上的改良而设计出来的可能性实际上等于零，因此证明了它只能是神力表演的绝技。他对于凝血机制以及其他分子系统也表述了类似的观点。然而进化生物学家已经反驳了这类看法。首先，有些鞭毛的构形比 Behe所提到的鞭毛简单，因此一种鞭毛并不一定需要上述所有组成部分均齐备才能发挥作用。Behe所提到的鞭毛其较高级的组成部分全都可以在自然界的其他地方找到先例，布朗大学的 Kenneth R. Miller及其他研究人员对此已有论述。实际上，整个鞭毛系统与一种名为 Yersinia pestis的细胞器极其相似(鼠疫细菌利用这种细胞器将毒素注射进细胞中)。关键在于，尽管 Behe声称鞭毛的各组成系统除了用于推进作用以外没有其他任何价值，但实际上这些系统可能具有多种功能，从而有利于鞭毛的进化。因此鞭毛的最终进化过程可能仅仅是通过某种新颖的方式把原先为其他用途进化出来的复杂组成部分重新组合起来。加利福尼亚大学圣迭戈分校的 Russell F. Doolittle所做的研究表明，凝血系统看来是通过改良并完善了最初用于消化的蛋白质而进化的，这与鞭毛的进化有异曲同工之妙。所以，Behe用来作为神力设计证据的「不可简化的复杂性」并非真的不可简化。
另一类复杂性—所谓「特定复杂性」(specified complexity)—是贝乐大学的 William A. Dembski在其著作《设计推理》和《没有免费的午餐》中提出的神力设计论据的核心。他的论据实质上是说，生物的复杂性是任何盲目的、随机的过程永远无法产生的。Dembski声称，唯一合乎逻辑的结论是某位超人的神灵创造了生命并左右其发展，这一说法与 Paley 200年前的论断如出一辙。Dembski的论据有若干漏洞。他暗示对生物进化的解释只是随机产生或神灵设计，这是不正确的。在圣菲研究所和其他地方研究非线性系统与元胞自动机(cellularautomata)的研究人员已经证明，简单的无向过程能够产生极其复杂的模式。因此，有机体中所呈现的某些复杂性从一定程度上讲，可能是通过我们几乎还不了解的自然现象产生的。然而这完全不等于说生物的复杂性不可能自然地产生。
创世说
「创世科学」的提法本身就是自相矛盾。现代科学的核心原则就是方法论的自然主义，即力求通过观测到的或可检验的自然机制来解释宇宙。物理学用支配物质与能量的特定概念来描述原子核，并通过实验对这些描述进行检验。只有当实验数据显示先前的描述不足以解释观测到的现象时，物理学家才会引入新的粒子(如夸克)来丰富其理论。而且，这些新粒子的特性并不能随便定义(新粒子的界定受到严格的约束，因为它们必须能纳入到现有的物理学框架中)。相反，鼓吹神力设计的理论家则搬出各种虚幻莫测的东西，并随意赋予它们以不受约束的各种能力—总之是，怎样能解答当前的问题就怎样说。这样的答案非但不能促进科学探索，反而会阻挡科学探索的道路(如，如何否定万能神灵的存在？)。神力设计说不能解决任何问题。例如，具有设计能力的神灵是何时介入生命史的？又是怎样介入的？是通过创造第一个 DNA，第一个细胞，还是第一个人？每一物种都是神力设计的吗？抑或只有少数早期物种是神力设计的？鼓吹神力设计说的人常常回避这些问题。他们关于神力设计的说法常常是五花八门，迥然不同，他们也甚至懒得去互相沟通一下以自圆其说。他们采用排除法来进行论证，也就是极力贬低进化论的解释，将其斥为牵强附会或不完整的理论，从而间示只有以神力设计为基础的替代理论者是站得住脚的。从逻辑上讲，设计说的鼓吹者完全是在误导人：即使某种自然主义的解释有问题，也并不意味着所有这类解释都应该一棍子打死。此外，他们的论述也没有使任意一种神力设计说显得比另一种更合理，实际上就是让听众们自己去作判断，而某些听众在进行这类判断时无疑会用宗教信仰去取代科学概念。科学研究一次又一次地证明方法论的自然主义可以克服无知，为那些一度看来深不可测的难解之谜找到越来越详尽、合理的答案。有关光的本性、疾病的起源以及脑的机理等问题均是如此。现在进化论正在为破解生命如何形成和发展之谜做着同样的工作。创世说无论以何种名义作掩饰，都不会为这方面的科学研究增添丝毫有价值的东西。
泛进化论
现有生物学进化理论和神学创造论存在致命的局限：1）整个宇宙从奇点大爆炸开始就开始演变，从场到粒子、星球、星系、分子的形成，从原始人类社会到现代人类文明，从简单技术发明到现代高科技，无凝是一个演变发展的进化过程，一个生态系统的形成也是从低级到高级、从少到多的物种发展过程，因而生物界也必然是一个从低级到高级、从相同到不同的许多生物物种的进化；2）神学创造论并没有解释任何科学家感兴趣的生物物种形成的具体内容，对知识的增加没有提供可发展的前景，对生物的研究和认识没有可操作的方法论，不能对不同等级不同类型的多样性生物之间的具体关系提供知识。3）现有进化理论只能解释生物界是进化和演变而来，而且是自然和人工对遗传变异的选择；但是不能解释遗传变异的规模性与必然性，也不能解释物种之间的超越性大型遗传演变。中国科学家曾（杰）邦哲（Zeng BJ）1986年著述、1994年修订了《结构论 - 泛进化论》，发表于1991年-1997年，并阐述了系统生物科学与工程、系统医药学的概念：1）生物界的演变包括两个方面，即生物体结构的进化和生物体形态的适应，以往进化论没有阐明两者的关系与区别；2）生物界的遗传变异也包括两个方面：A）生物物种基因组内等位基因的替代、等位基因突变形成等位基因库，以及非等位基因间排列组合的变化、染色体的畸变，B）生物物种基因组内基因种类和数量的增加、不在以往的基因范围内，新的基因群体的形成；3）生物物种基因组内基因的自组织化与程序化表达构成生物的进化与发育两个方面，基因划分为控制一个相对独立性状的基因群（genes group)、发育过程前后诱导表达的系列基因链（genes chain）和物种之间基因同源变异的基因家族（genes family)；4）生命现象不是一个物质和能量的概念，还是一个自组织化的信息概念，生物遗传进化是信息的增长，生物体形体发生也是信息的展示过程，生物的物质不断更换、能量不断地流动，生命活动是一个信息控制过程；5）生物体不是一个单靠分解方法可以理解的复杂系统，而且是从分子、细胞、器官、个体、群体、生态的多层次复杂系统，研究生命科学必然从传统实验方法论走向系统科学的分析与整合渗透的方法论；6）生物系统发生演变的逻辑学是系统逻辑或结构逻辑，计算机科学、系统科学本身最初从生理学的体液稳态机理、神经反馈和动物与机器的通信行为的研究中诞生，分维几何探讨了生物体比如植物树枝与整个植物的同形全息性等，因此系统科学、计算机科学、生物材料纳米技术与生物科学、生物医学等必然走向整合，并将带来未来的智能机器人、工程生物体人工进化的系统生物工程与系统医药学。因此，提出了整个自然生物系统与人工生物系统的结构、功能与演变相互关系的泛进化理论，以及遗传学从经典遗传学、分子遗传学发展到系统（结构-图式）遗传学（system genetics/pattern genetics, 参考1994-1996年《转基因动物通讯》和2003澳大利亚《第19届国际遗传学大会论文集》等）的概念与方法。
人类进化
1>未来人类将走上衰亡之路（著名的英国古生物学家狄克森认为，未来的人类将走上衰亡之路。因为从生物学的观点来看，自然死亡是一种正常的优胜劣汰，会除去人类基因库中各种致病的坏基因。但在今天，由于医学的发展，使有病的人都能得到治疗，都能生儿育女，这样，这些人就会把体内的致病基因遗传下去，结果，人类积累的坏基因数目一代比一代多，导致人人都带有大量致病基因，因而体质越来越差）
2>未来人变成大脑袋小身体的模样.(加拿大人类学家瑟尔和塞格京提出了“直线进化理论”，认为人类将越来越强大。他们认为，50万年以后，随着人类对脑力的依赖性大大超过体力，未来人的大脑体积将远远大于我们现在的大脑体积，而肢体却渐渐退化萎缩，最后变成大脑袋`小身体的模样~）
发展方向
上面一段说的有点儿矛盾，无可质疑，人类一直是在进步。无论是智力还是身体，无论是大脑重量还是体重身高等等，在短时期内当然是不断前进发展的。（我国人均身高体重和寿命与建国前甚至明清时明显增加）
要说人类衰退吗，我也同意，而且发展的方向是脑子和体重身高都会减少/降低，智慧和体力都会下降（不少）
但这不是近期的事情，而是站在一个比较高的山头看。
参考资料
[1]
达尔文的“进化论”如何导向丛林法则？2019-10-04T11:55:31+08:00[引用日期2022-05-19 11:35:14]
[2]
盖亚假说：地球是一个生命体吗？2021-01-05T07:47:35+08:00[引用日期2022-05-19 12:01:50]
[3]
“人类世”“熵世”与“末世”2021-12-21T07:33:53+08:00[引用日期2022-05-19 12:02:11]
[4]
【biological_special_concept】什么意思_英语biological_spec[引用日期2022-05-19 12:02:22]
[5]
从作战体系升级谈“智胜”机理:体系进化快者胜-新华网2021-12-16T14:51:55+08:00[引用日期2022-05-23 18:25:17]
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