NAMD（NAnoscale Molecular Dynamics）是用于在大规模并行计算机上快速模拟大分子体系的并行分子动力学代码。NAMD用经验力场，如Amber，CHARMM和Dreiding，通过数值求解运动方程计算原子轨迹。

概述

NAMD（

NA

noscale

M

olecular

D

ynamics）是用于在大规模并行计算机上快速模拟大分子体系的并行分子动力学代码。

1. 软件所能模拟的体系的尺度，如微观，介观或跨尺度等

微观以及介观。

是众多md 软件中并行处理最好的，可以支持几千个cpu 运算。在单机上速度也很快。在进行并行计算中采用了Load Balancing方法，给每个CPU分配相同的计算量使得计算不irregular，在计算时通过监控每个处理器的速度和运算量来分配。

模拟体系常为为10,000-1,000,000 个原子。

2. 软件所属的类型，如MD，DPD，DFT，MC，量化，或交叉等

全原子md，在文献上也用它做过cgmd。

3. 软件能研究的相关领域，使用者的背景最好是

默认的立场是charmm，包括了2,3,4个原子的成键作用和成对的静电相互作用和范德华作用，适合模拟蛋白 质，核酸，细胞膜等体系。

也可以进行团队和CNT 系统的模拟

软件原理经典，操作简单。但需要对体系的性质足够了解。

4. 软件中主要涉及的理论方法范畴

经典的md，以及用多种方法计算自由能和SMD模拟。

数据分析时候一般很少涉及复杂的热力学和统计热力学的原理，但知道一些最好。

5.软件主要包含的处理工具

namd 是计算部分，本身不能建模和数据分析（unix 的哲学kiss）。但vmd 同namd 系出同门，已同namd 实现无缝链接。

vmd 的tcl 脚本一定要搞懂，别的就不多介绍了。[1]

6.与此软件密切相关的软件

vmd，及其他数据统计分析软件（excel，OOo-calc 等足够了）

编译安装

NAMD在window环境下的编译安装

1.下载NAMD_2.7b2_Win32

2.解压到任意目录下（建议最好直接是C：或D：下）

3.添加windows的环境变量：右键单击我的电脑----属性-----高级-----环境变量(在右下角)-----在系统的Path变量里添加你NAMD所在文件夹，比如我的%SystemRoot%\system32;%SystemRoot%;%SystemRoot%\System32\Wbem;C:\ProgramFiles\CommonFiles\ThunderNetwork\KanKan\Codecs; C:\NAMD_2.7b2_Win32

注意：添加的变量名称要和文件夹得名称一致（如果文件夹得名称你改为namd，那么变量名称为C：NAMD）

4.namd2.7需要后面跟conf 文件才可以正确运行，并且要在conf文件所在目录执行命令。如：我的命令窗口显示C:\Documents and Settings\HP> 因此我的conf文件要放在C:\Documents and Settings\HP 这个文件夹下，然后执行命令C:\Documents and Settings\HP> C:\NAMD_2.7b2_Win32 amd2 da.conf 即可。