尼罗河干流在乌干达境内的南段。南起维多利亚湖北口(金贾附近),西北流,经基奥加湖,至蒙博托湖北口。全长416公里。因受湖泊调节,年内流量变化小,在602—741米3/秒之间。上游段流经高原,下游段陡落断裂谷地,多瀑布、急流,建有欧文瀑布水电站。纳马萨加利至马辛迪间可通航。河口有喇叭状沼泽三角洲,多喜湿植物和水禽。