方式
被插入方
男性独有的前列腺前面贴耻骨联合，后面依直肠，强烈地刺激肛门括约肌和直肠会使前列腺充血，刺激射精中枢，产生不同程度的快感（因人而异），但也有很多男性完全无快感，只有痛感。
男性虽然有前列腺，但肛交并不能很好地刺激男性的前列腺，因此肛交并不会带给男性生理上的快感。有研究表明，喜爱肛交的男性更多的是想获得一种被称为“充盈感”的快感和猎奇心理，甚至受虐倾向。这些感觉对于无法获得前列腺快感的男性肛交爱好者尤为重要，因为大多数男性并不喜欢这种类似憋大便的痛苦感觉。
插入方
肛交的插入方可获得普通阴茎刺激的快感。因括约肌的关系，肛门会比阴道较紧，插入方有可能在短期内获得比普通性交更强的快感。
但是，阴道的粘膜伸展性比肛门要好上数倍，肛门的弹性不如阴道，因此刚开始会很紧。但时间一长或次数一多，肛门就会变得比阴道松弛很多，甚至会出现内部结构一清二楚的情况，还会出现放屁、排便失禁等状况。
而阴道的弹性和恢复能力很强，本身就具有修复功能，所以一般只会在中年以后慢慢松弛。在年轻的时候，只要不是特别夸张的性爱频率，是不会松弛的，即便性爱频率繁多也不会像肛门那样松弛的可怕。
并且，最重要的一点是，无论是因为年龄增长、夸张的性爱频率、生产等各种原因导致阴道松弛，也有许多补救的方法，这点和长期肛交导致肛门难以挽回的松弛是不同的。
肛交危害
很容易传染性病，甚至致肛门癌
美国哥伦比亚大学性学家朱迪·库里安斯基教授称：“年轻人对肛交的存在很多让人震惊的误区。他们觉得这不是(阴道)性交，因此就不会得病。”
实际上，肛交的风险比阴道性交高出很多倍，最大的问题是容易感染疾病，主要原因是直肠很容易吸收液体，以及肛交时容易给肛门的结构造成伤口。如果一方患有性病，例如感染了艾滋病病毒(HIV)、变形虫(阿米巴)、衣原体等，就很容易通过没有保护措施的肛交传染。即使戴上了安全套，肛交过程中也很容易破裂或者脱落而造成危险。广州市红十字会医院胃肠外科副主任医师刘少杰称，肛交还可传染梅毒、尖锐湿疣、软下疳等，市场上的避孕套，使用的材料主要是天然乳胶，其自然裂缝在5000至70000纳米之间，足以预防直径为5000纳米的人类精子头部，但艾滋病病毒的直径仅为120纳米，人类乳头瘤病毒直径在45～55纳米之间，乙肝病毒中大球形颗粒直径为42纳米。各种病毒的体积，远小于天然乳胶的自然裂缝，即便是正确使用避孕套，还是可以感染上性传播疾病。
肛交特别容易感染人乳头瘤病毒(HPV)，研究发现这种病毒与肛管癌有关，尽管肛交并不直接导致癌症。美国弗莱德哈钦森癌症研究中心研究发现，反复进行肛交的人肛管癌发生率增加7倍。
造成肛门损伤，很难修复
阴道是由上皮组织构成的，肛门与之相比就脆弱得多，肛交中阴茎强行插入容易造成肛门直肠黏膜破损。刘少杰介绍说，肛门在解剖特点具有两种上皮组织：在肛管皮肤与直肠粘膜相连合处的齿状线以下为多层鳞状上皮，具有皮肤良好的耐磨性以及伸展性，这部份由体神经支配，痛觉比较敏感；齿状线以上为单层柱状上皮，摩擦容易损伤，这部份由内脏神经支配，痛觉不敏感，受伤后也不一定知道。
肛交性直肠溃疡在同性恋者中十分常见。溃疡病灶多发生在距离肛门5厘米~7厘米的直肠后壁。溃疡比较深，常常会引起出血。直肠黏膜损伤后形成的溃疡迁延不愈，有时会变硬，容易被误认为直肠癌。治疗方法主要是终止肛交，如果合并感染还要进行抗菌药物治疗。
肛门和直肠组织不像阴道那样可分泌液体，起到润滑作用。因此，如果没有使用润滑剂，肛交很容易撕裂肛门括约肌。有些人为了减轻肛门的敏感度，局部涂上酒精等药品，结果更容易发生损伤。
肛交可加重痔疮的症状。痔疮是肛门纤维结缔组织出现肥大充血所致，严重的患者进行肛交可发生大出血。肛交也容易导致肠道失控和大便失禁，少数人在肛门反复损伤之后也可能出现。
粪便污染极易感染
肛门、直肠内有粪便，其中含有大量具有感染性的微生物，即使肛交前进行了灌肠，也往往洗不干净。
这些微生物除了令肛交产生的伤口发生感染，还可导致“淫肠综合征”：肛交后手指、性器沾上粪导致细菌传播，污染食物、食具后令细菌进入人体消化道，再经过6~72小时的潜伏期后，患者发生严重的沙门氏菌等感染，可突然出现腹痛、腹泻、恶心、呕吐及发热症状，有的人还有头痛、肌肉痛、背痛，如果治疗不及时、不彻底，很容易转为慢性。另外主动方生殖器也很容易受到污染而感染。若肛交后没有进行清洁，马上又进行阴道性交，还可把肛门的细菌带入阴道而造成女方生殖器感染。
风险
由于肛门处有括约肌，其收缩能力比较强，不能强行插入，否则容易引起肛裂。不安全的肛交和其他不安全的性行为一样，有传播性病的风险，特别是艾滋病病毒。根据倡导安全性行为人士的意见，任何性行为，包括肛交，应该全程使用安全套，但是这样仍不能认为是绝对安全的。避免与已知感染性病的人或染病情况不明的人进行性交，注意自己的健康，增加与伴侣的沟通，了解身体情况以及讨论活动细节可以进一步减低风险。
值得注意的是，肛交即使是在双方没有性传播疾病的前提下进行也会带来一些健康上的风险。由于阴道自身会分泌润滑液来辅助性交，而肛门和直肠自身并不会分泌润滑液，一般这点可使用人体润滑剂、使用安全的道具或使用安全套来减低不适感。但是，直肠内衬的上皮黏膜组织极易在异物插入过程以及性交过程中的磨擦受到损伤，即使是在熟练的操作和正确与妥善使用辅助工具如润滑剂与安全套的情况下，无论是否有不舒适甚至疼痛的感觉，仍然会造成许多肉眼所看不见的小伤口，而这是可以借由法医学或刑事案件调查中常使用的检验指示剂检测出来的。由于直肠壁的正常生理功能主要是粪便的排出通道，而为数众多的肠内细菌的确会造成感染的风险。太频密的肛交行为可能会使肛门括约肌松弛、肛门粘膜充血、红肿或肛裂，甚至出现大便失禁、直肠脱垂。需尽量避免长期不当肛交造成了局部器官的严重损害或严重的心理伤害。强制肛交另外也会造成阴茎龟头的损伤。不过事前的清洁、避免使用不洁或尖锐的道具、以及做到足够的润滑都能将风险降至最低。
在肛交中使用安全套时也要注意以上这点，要使用较厚的安全套以及充分的润滑，以免安全套受到损伤。润滑剂和安全套也要特别要注意，因为不少润滑剂的成分可能具有有机溶剂的功能将橡胶成分溶解。
