观念存在
马来人至上的观念在马来西亚独立前就存在了，1940年代马来人组织起来抗议马来亚联盟的成立，后来又为争取马来西亚独立而战，马来人至上的观念逐渐走向了舞台的中心。非马来人的政党，比如民主行动党，激烈反对这种种族主义观念。1960年代，独立前的海峡华人在新加坡（1963年至1965年是马来西亚的一个州）的人民行动党的领导下也挑战了这个观念。
在1969年5月13日的种族暴动后，马来西亚宪法中有关马来人至上的部分得到了确立。这期间马来极端民族主义也有了发展，他们宣扬建立一个由巫统一党执政的政府，并强调只有马来人才是真正的马来西亚人。1970年代马来西亚政府开始推行非常有利于马来人的新经济政策。国家文化政策也强调非马来人要融合到马来族群中去。
1990年代，马来西亚首相马哈迪开始推行马来西亚民族（Bangsa Malaysia）政策，强调马来西亚人而不是马来人的认同。2000年代，政治家们又开始宣扬马来人至上的观念，并公开谴责那些质疑马来西亚社会契约的政府官员。Ketuanan Melayu这个词语迟至二十一世纪初成为流行的马来语。
种族纠纷
问题出现在1963年的新加坡州选中，联盟通过新加坡联盟党（Singapore Alliance Party）挑战执政的人民行动党（PAP）。巫统政客积极为新加坡联盟于新加坡拉票，表示在华人领导的新加坡里，虽然执政的人民行动党表面上是多种族的政党，新加坡的马来人常被视为二等公民。不过，所有巫统支持的马来裔候选人都败于人民行动党手上。因为联盟和人民行动党之前达成协议，同意分别不会在新加坡和马来西亚参选，这次选举中很多人民行动党党员觉得联盟出尔反尔，于是决定在1964年的马来西亚大陆大选中参选。虽然人民行动党在造势大会中吸引大量群众，可是在大选中只赢得一个席位，由代表孟沙选区的蒂凡那胜出。很多历史学家认为，当时财政部长及马来亚华人公会会长陈修信向华人呼吁，避免挑战马来人的特别权利，以免冒与印尼合并这个险，此番言论有助马来亚华人公会保持其地位，继续做“马来亚半岛中不争的华人领袖”。巫统领袖对人民行动党非常愤怒。
新问题很快就浮现。新加坡政府与人民行动党领袖李光耀公开表示反对“马来人至上”，提倡一个“马来西亚人的马来西亚”，而不是一个马来人的马来西亚。他辩称：“马来人仅仅在700年前大规模移居到马来西亚。在马来西亚39%的马来人里，有三分之一是较新的移民，就好像赛查花阿峇（Syed Jaafar Albar），他在战前从印尼来到马来亚，当时他已经超过三十岁了。因此如果某一个种族认为，他们较有资格自称为马来西亚人，而其他人成为马来西亚人是全靠他们的favour，这是错误的。”
个人言论李其后叹言：“马来西亚属于谁？是马来西亚人。谁是马来西亚人？我希望我是，主席先生。但是坐在议院里，有时我质疑自己究竟是否被容许做一个马来西亚人。这个疑虑在很多人的心中存在……（一旦）这种情绪转化成行动，人与人在不言中斗争，所导致的战争会彻底摧毁马来西亚。”有时候，李却令事情变坏，发表种族言论，其中很多批评马来西亚的种族架构，提醒人民非马来人现已占大多数，占61%，多于39%的马来人。有一次他说：“为什么我们要回到以前的新加坡，令在马来亚的非马来人沦为少数？”当时人民行动党和巫统关系已经紧张，李常常要求联邦政府严厉打击马来西亚的种族主义者，其中包括巫统领袖赛查花阿峇和赛那昔（Syed Nasir Ismail），令情况愈加恶劣。
李的言论令很多人不满，尤其是联盟的政客。陈修信称他为“马来西亚和马来亚史上最大的扰乱者”。东姑认为李的立场太激进，而巫统政客觉得李用其言论来引起马来西亚华人的注意。李关于马来新移民的言论与到严厉的反驳。阿峇表示：“将马来人和其他人同归一类是一个侮辱……”巫统报纸《马来亚独立报》（Malaya Merdeka）警告：“如果马来人受压，利益不受保障的话，”他们会把马来西亚和印尼合并起来。东姑对此甚感恐惧。对于他来言，马来西亚的种族主义者不是真正的极端主义者，真正的威胁是一些寻求“大印尼”来教训华人的人。
纠纷加剧种族之间的纠纷导致新加坡的1964年种族暴乱，其后人民行动党的马来政客奥斯曼渥（Othman Wok）暗指暴乱由马来西亚的种族主义者所策划。暴乱后的一年，局面继续紧张。赛查花阿峇表明：“无论在何处，我仍然是马来人。”李在议会中严厉反驳道：“如果我到处说（他）说的话：“无论在何处，我仍然是华人”，我们会怎么样？但是我不断提醒别人，我是马来西亚人。我正在学Bahasa Kebangsaan（马来语──国家语言），我接受宪法第153条。”
李坚持自己并不是反对马来人的特别权利和宪法第153条，说：“如果移民社区……看不到问题，如果他们不能感受到做一个贫穷马来人的滋味，又不会同情他，我可以说，他很快会把不满果断地表露出来，整个国家将会陷入混乱。”很少有联盟的人士认真思考他的言论。巫统政客坚持，一个“马来西亚人的马来西亚”表示完全平等的社会，导致马来人的特权被撤掉。一名联邦官员施努（Senu Abdul Rahman）觉得，李所提倡的平等会阻止马来人在经济上参与：“我们所需要的是机会，一个为人民谋取资产的机会。”李之前表示自己马来西亚人的身份，施努问：“李今天所享有的权利不是从天而降的，是人所赋予的。他难道不感激本国的原居民吗？”李回应说：“不，我不是在接受别人的款待，我在这里是我的权利。马来西亚百分之六十一的人民要于这点上坚持着，否则会失去一切，会失去未来。”有些人（当中包括赛查花阿峇）继续持着施努的立场，把马来人称之为Bumiputra（家中之主），其对向李这样的外人bangsa asing或寄宿者orang tumpangan的款待被滥用。这番言论引起内阁成员Lim Swee Aun的反驳，坚持他们“是共同业主，不是寄宿者，不是客旅。”
有些人不同意巫统的立场。Ismail Abdul Rahman向议会说“联盟和人民行动党赞同一个‘马来西亚人的马来西亚’的概念”，但是具体方法不同。Ismail将人民行动党的方法定为一个“非群体性的直接模式”（non-communalism straightaway），而联盟需要“两个步骤。第一，种族之间的和谐；第二，是最终有一个非群体性的国家（ultimate state of non-communalism）”。李视此番言论为巴结的把戏，除非那些马来西亚的种族主义者被制止，否则不能认真考虑这番话。
马新分家李光耀继续他的活动，于1965年组成马来西亚团结大会（Malaysian Solidarity Council（MSC）），里面有多个多元种族政党，包括人民行动党（PAP）、人民进步党（People's Progressive Party）和联合民主党（United Democratic Party）。在第一次也是唯一一次的马来西亚合一会普通大会中，这些政党的领袖发表讲话，支持一个马来西亚人的马来西亚。人民进步党的西尼华沙甘（D.R. Seenivasagam）指摘联盟，利用宪法第153条“欺负非马来人”，而砂拉越人民联合党（砂人联党）的王其辉（Ong Kee Hui）说：“我们看到社会歧视的态度，越来越多迹象否定非马来人的政治平等。为了我们和我们的国家，这一切都要停止，不要让这狭缢的种族主义坐大。所有住在这里和称本国为家的人，不论种族，都应享有政治上的平等。”
不久，巫统后座议员马哈迪在国会中抨击李：“新加坡华人从没认识马来人的管治，不能忍受被一些长期处于他们脚下的人统治他们。”李事先没有准备，用马来语回应：“当然有华人是百万富翁，开大车子，住大房子。难道令一些马来人成为富翁，有大车大房子是答案吗？……如果我们自欺欺人，叫别人相信他们穷是因为他们没有马来人的权益，又或是反对人士反对马来人的权益，我们结果会是怎么样？你让乡下的人相信，他们穷是因为我们不会说马来语，因为政府不用马来文，那么他就期待‘当马来文成为唯一的国家文字’奇迹会出现。当我们清一色都说马来语，他的生活水平将会提高。如果这样的情况不发生时，那又怎么样？另一方面，当经济、民生和教育政策出现失误时，你回来说，噢，这些凶险的华人、印度人和其他人，对抗马来人权益。他们并不反对马来人权益。他们作为马来人有权以马来西亚人的身份，上到一些教育的水平，这些水平由一些竞争更剧烈的社群──非马来人的社群──所创造。这是必须做的，不是吗？不是像他们灌输这些愚民理论，向他们说一得到一些少数马来人所享有的马来人权益，问题就会得到解决。
最后，东姑对一切的政治争坳感到厌倦，深信任何言语上的冲突会导致暴力发生，于是要求新加坡脱离联邦。新加坡于1965年成为一个独立的国家，首任总理由李出任。虽然新加坡宪法第89条称马来人为新加坡的原居民，并指出要特别保障他们的权利和权益，但是条例没有列明任何相应政策。
有些人士其后将马来西亚的成立归咎于助长“马来人至上”主义：在马来西亚成立后，“正如里特委员会所怀疑，马来人的权利在（马来西亚成立前的）五六年内萎缩，其后马来人权益于不平等待遇的环境中获得增强。”
语言争议
宪法规定，于独立后不会马上把法定语文由英语转为马来语，而是有一段十年的缓冲期。随着1967年这个预定限期愈来愈近，有些华人提倡一套较有包容性的语言政策，容许华语在某些情况下，在公共范畴中使用。
来自巫统和PAS的极端人士反驳，但联盟提出折衷方案，于国家语文法中确认马来文为官方语言，但在某些情况下，容许英文和其他非马来文的语言作非官方用途。东姑形容此举为“确保和平的一着”，但方案被许多马来人白眼，从而成立了国家语言行动联盟（National Language Action Front），希望复核甚至更改法案，而且东姑的管制能力备受质疑。
